Vào ngày 24 tháng 3 năm 1993, Knesset đã bầu Weizman, tỷ lệ phiếu đa số 66-53 (đối với Dov Shilansky, ứng cử viên Likud), làm tổng thống tiếp theo của Israel. Ông giữ chức vụ Tổng thống vào ngày 13 tháng 5 năm 1993.

Năm 1996, nhằm thúc đẩy quá trình hòa bình, Weizman đã mời Yasser Arafat tới thăm nhà riêng tại Caesarea. Năm 1999, ông gặp lãnh đạo DFLP Nayef Hawatmeh, tuyên bố: "Tôi thậm chí còn chuẩn bị để gặp ma quỷ nếu nó giúp [mang lại hòa bình]." [10] Ông ủng hộ việc rút quân khỏi Cao nguyên Golan để đổi lấy hòa bình với Syria, Vẽ những lời chỉ trích từ các đảng cánh hữu.

Vào cuối năm 1999, tờ báo đưa ra cáo buộc rằng Weizman đã chấp nhận một khoản tiền lớn từ các doanh nhân trước khi trở thành tổng thống, nhưng không báo cáo điều này cho các cơ quan có thẩm quyền. Vì thời hiệu đã hết hạn Weizman không bị truy tố,[11] nhưng cuộc tranh cãi đã buộc ông phải từ chức. Việc Weizman từ chức đã có hiệu lực vào ngày 13 tháng 7 năm 2000.